W 1789 roku Thomas Jefferson wraca do Stanów z Francji, gdzie pełnił rolę ambasadora. Washington proponuje mu stanowisko sekretarza stanu, a Madison prosi o pomoc w powstrzymaniu planu finansowego Hamiltona wierząc, że daje rządowi za dużo uprawnień („What’d I Miss?”). Jefferson i Hamilton debatują podczas zebrania gabinetu. Na stronie Washington prosi Hamiltona o znalezienie kompromisu, gdyż jego plan nie ma poparcia wśród członków kongresu („Cabinet Battle #1”).
Podczas gdy Hamilton pracuje w domu, Eliza przypomina mu o dziewiątych urodzinach Philipa. Prezentuje on ojcu krótki utwór rapowy, zdumiewając go. Angelica radzi Hamiltonowi, by przekonał Jeffersona do swojego planu finansowego. Później siostry razem proszą go o spędzenie wspólnych wakacji letnich, ale Hamilton odmawia, twierdząc, że musi zaangażować się w pracę nad zyskaniem poparcia Kongresu. Zostaje on w Nowym Jorku, podczas gdy reszta rodziny przeprowadza się na północ stanu („Take a Break”).
Samotnego Hamiltona odwiedza Maria Reynolds. Kobieta jest w trudnej sytuacji, bez środków do życia, wykorzystywana przez męża. Hamilton proponuje jej pomoc, co kończy się romansem. James Reynolds szantażuje Hamiltona i zmusza go do wypłaty wynagrodzeń w zamian za możliwość kontynuowania ich relacji („Say No To This”).
Hamilton omawia swój plan z Jeffersonem i Madisonem podczas obiadu. W kompromisie, który zawarli, zgadzają się na wsparcie planu finansowego w zamian za przeniesienie stolicy Stanów Zjednoczonych z Nowego Jorku do Waszyngtonu. Burr zazdrości pozycji Hamiltona w rządzie i marzy o posiadaniu podobnej władzy („The Room Where It Happens”). Burr zmienia partię polityczną i pokonuje Philipa Schuylera w wyścigu o fotel w Senacie, co daje zalążek przyszłemu konfliktowi pomiędzy nim a Hamiltonem („Schuyler Defeated”).
W innym zebraniu gabinetu Jefferson i Hamilton dyskutują, czy Stany Zjednoczone powinny wspomóc Francję w ich rewolucji. Washington przychyla się ku opinii Hamiltona, że Stany powinny pozostać neutralne („Cabinet Battle #2”). Po zakończonym zebraniu Burr, Jefferson i Madison razem wyrażają swoje niezadowolenie dla wsparcia, jakie Washington udziela Hamiltonowi i szukają sposobu, w którym mogą zaszkodzić jemu wizerunkowi („Washington on Your Side”).
Washington informuje Hamiltona, że Jefferson zrezygnował ze swojego stanowiska w rządzie, by móc wziąć udział we własnej kampanii prezydenckiej. Jednocześnie oznajmia, że sam nie będzie ubiegał o trzecią kadencję. Hamilton jest wstrząśnięty sytuacją, ale pomaga napisać list pożegnalny zaadresowany do mieszkańców Stanów Zjednoczonych („One Last Time”). Na swoim dworze król George III otrzymuje wiadomość o odejściu Washingtona i wyborze Johna Adamsa. Oczekuje on upadku państwa pod przewodnictwem Adamsa („I Know Him”).
Adams i Hamilton nie mogą znaleźć nici porozumienia, przez co rujnują autorytet Partii Federalistycznej („The Adams Administration”). Jefferson, Madison i Burr są zdania, że odkryli właśnie możliwy skandal z udziałem Hamiltona – oskarżają go o defraudację środków ze skarbu państwa i zdradę Stanów Zjednoczonych. W rzeczywistości odnaleźli oni jednak dowody wpłaty związane z jego romansem z Marią Reynolds. Przyznaje się grupie do zdrady żony i prosi, by nie rozpowszechniali tej informacji („We Know”). Hamilton martwi się zaistniałą sytuacją i kontempluje nad własną szczerością („Hurricane”). Publikuje on dokument, w którym przyznaje się do romansu, mając nadzieję, że w ten sposób przestaną się szerzyć plotki o defraudacji i uratuje swoją polityczną karierę („The Reynolds Pamphlet”). Jego reputacja zostaje jednak zniszczona. Eliza płaczliwie spala swoją korespondencję z Hamiltonem, w ten sposób uniemożliwiając “przyszłym historykom” szansy na przywrócenie mu dobrego imienia i zdobycia wiedzy, w jaki sposób Eliza zareagowała na zdradę („Burn”).
Po latach Philip Hamilton wyzywa na pojedynek George’a Eackera w odpowiedzi na nieprzychylne komentarze, których udzielił w stronę swojego ojca, Alexandra. Philip dostosowuje się do rady, której udzielił mu ojciec i honorowo celuje w niebo, lecz Eacker strzela w jego stronę trzy sekundy przed zakończeniem liczenia („Blow Us All Away”). Philip jest zabrany do lekarza, który nie może mu udzielić pomocy. Hamilton i Eliza przybywają osobno na krótko przed jego śmiercią („Stay Alive (Reprise)”). Hamiltonowie przeprowadzają się. Alexander prosi Elizę o przebaczenie, które otrzymuje („It’s Quiet Uptown”).
W wyborach prezydenckich w 1800 roku John Adams zostaje pokonany, podczas gdy Jefferson i Burr otrzymują równą liczbę głosów. Hamilton jest wściekły na Burra, który znów zmienił poglądy dla własnej korzyści i udziela wsparcia Jeffersonowi, który następnie wygrywa elekcję („The Election of 1800”). Rozzłoszczony Burr wymienia listy z Hamiltonem i wyzywa go na pojedynek („Your Obedient Servant”). Przed świtem Eliza prosi Hamiltona, by wrócił do łóżka, lecz uzyskuje odmowę. Hamilton komplementuje swoją żonę przed opuszczeniem mieszkania („Best of Wives and Best of Women”).
Burr i Hamilton przybywają do Weehawken w pobliżu miejsca, w którym został zastrzelony Philip. Na dźwięk wystrzału zatrzymuje się upływ czasu w dramacie i Hamilton monologuje na temat śmierci, jego relacji z ludźmi i spuściźnie, jaką po sobie zostawi. Mierzy on pistoletem w niebo, po czym zostaje trafiony kulą, wkrótce umierając. Burr lamentuje – mimo, że przetrwał pojedynek, zostanie on zapamiętany w historii wyłącznie jako człowiek, który zastrzelił Alexandra Hamiltona („The World Was Wide Enough”).
Na scenie zbiera się cała obsada. Washington przypomina widowni, że nie mają wpływu na to, jak zostaną zapamiętani przez historię. Jefferson i Madison razem zgadzają się uznać geniusz polityczny swojego rywala. Eliza opowiada, jak przez następne pięćdziesiąt lat będzie bronić reputacji i spuścizny swojego męża. Walczy o zniesienie niewolnictwa i zakłada pierwszy prywatny sierociniec w Nowym Jorku. Pyta się widowni, kto będzie opowiadał historie z ich udziałem i czy zrobiła dostatecznie wiele. Na koniec mówi, że wie, że ponowne spotkanie z mężem jest tylko kwestią czasu („Who Lives, Who Dies, Who Tells Your Story”)[4].

